目前内蒙古自治区共有全国重点文物保护单位79项，其中前五批36项，第六批43项。名单如下：
1、辽上京遗址（1—159）
位于内蒙古赤峰市巴林左旗林东镇南郊，地处乌尔吉沐沦河（辽称狼河）与沙里河（辽称南沙河）二水之间，是辽王朝在中国北方游牧民族广阔草原上建立的第一座都城，以城郭建设宏伟壮观、建设遗址分布密集、文化积淀丰富而著称于世，是目前国内保护最好的大遗址而引起国内外的关注。
2、辽中京遗址（1—160）
位于内蒙古赤峰市宁城县天义镇城南村，地处西拉沐沦河北岸，辽三京之一。遗址上现存的大明塔是国内体积最大的实心砖塔，雄浑凝重，巍峨矗立。
3、万部华严经塔（2—18）
4、成吉思汗陵（2—62）
位于鄂尔多斯市东南部伊金霍洛旗的甘德尔草原上，是世界上唯一以成吉思汗文化为主题的大型文化旅游景区，是国家文化产业示范基地、国家AAAAA级旅游景区。
5、金刚座舍利宝塔（3—158）
6、大窑遗址（3—187）
7、居延遗址（3—209）
8、嘎仙洞遗址（3—214）
9、元上都遗址（3—220）
位于内蒙古自治区正蓝旗上都镇东北，是沉寂了六百余年的草原国际大都会——元上都，是北方游牧的蒙古族掌握政权后，建立的第一座真正意义上的帝国都城。1988年，元上都遗址被列入第三批全国重点文物保护单位。
10、辽庆陵及奉陵邑（3—247）
位于内蒙古赤峰市巴林右旗北部索博日嘎镇北侧庆云山南麓的王沟坟，分布着辽国3位皇帝和太后的墓葬群。景区位于赛罕乌拉国家级自然保护区的核心区内，既有庄园式疏林草甸风光，还有第四纪冰川留下的自然遗迹。1988年，辽庆陵遗址被列入第三批全国重点文物保护单位。
11、兴隆洼遗址（4—6）
12、大甸子遗址（4—22）
13、固阳秦长城遗址（4—34）
14、缸瓦窑遗址（4—54）
位于内蒙古赤峰市松山区香山寺向东3公里，其东西长约1500米，南北约1000米，是辽国最大的瓷窑，也是目前国内现存规模最大、分布范围最广、延续时间最久、烧造品类最齐全、工艺水平最高的辽代瓷窑遗址。1996年，窑场遗址被正式列入全国重点文物保护单位。
15、敖伦苏木城遗址（4—56）
16、美岱召（4—135）
17、五当召（4—169）
18、萨拉乌苏遗址（5—13）
19、岱海遗址群（5－14）
20、庙子沟遗址（5—15）
21、架子山遗址群（5－16）
22、大井古铜矿遗址（5－17）
位于内蒙古赤峰市林西县大井镇中兴村，为青铜时代的遗址，夏家店上层文化，年代距今2900-2700年。该遗址为研究我国北方古代铜矿采炼、铸造技术及发展水平提供了宝贵资料。2001年06月25日国务院分布为第五批全国重点文物保护单位。
23、城子山遗址（5—18）
位于内蒙古赤峰市敖汉旗萨力巴乡哈拉沟村与玛尼罕乡交界处，为青铜时代的遗址，夏家店下层文化，年代距今4000-3500年。为大型中心性祭祀遗址，为目前国内规模最大、祭坛数量最多的祭祀遗址。2001年06月25日国务院分布为第五批全国重点文物保护单位。
24、和林格尔土城子遗址（5—19）
25、黑山头城址（5－20）
26、金界壕遗址（5－21）
金天辅五年（1121年）金太祖阿骨打调集诸路猛安谋克民万户到泰州屯田，以婆卢火为都统。为了防御蒙古诸部南扰，保护这一地区的屯田，婆卢火在其屯田区的北部修筑了一条界壕，史称金界壕。金界壕从嫩江之滨到黄河河套，分为东北路、临潢路、西北路、西南路，全长5000多公里。2001年06月25日国务院分布为第五批全国重点文物保护单位。
27、应昌路故城遗址（5—22）
应昌路又名鲁王城，是元代最后一个都城。始建于金，是当时金军进攻南京(今北京)、戍守边疆以及蒙古高原和部落之间互相争夺的军事要地。到了元代，元世祖忽必烈下诏，正式建城，并设应昌府，至1286年，升为应昌路。1295年，特薛禅的重孙蛮子台奉命讨伐叛军海都笃哇，凯旋后元成宗晋封蛮子台为鲁王，鲁王城由此得名。在元朝历史上，应昌路发挥过非常重要的作用，它是当时南接元上都、大都，北连锡林浩特、和林及乌兰巴托的交通枢纽，也是当时南货北上的聚集地。
28、宝山、罕苏木墓群（5—154）
宝山墓群位于内蒙古自治区阿鲁科尔沁旗东沙布台乡宝山村西1.5公里，是辽代(公元916年-1125年)贵族墓;宝山墓群长方形茔园，面积达3400平方米，夯土筑围墙，东、南各设一门，有瓮城。茔园内有10余座墓，至少列为三排。其中1号墓壁画题记为天赞二年(公元923年)，是已知时代最早的契丹贵族墓。1、2号墓室内饰有精美彩绘壁画，以高逸图、降真图、寄锦图、颂经图等为代表。画面布局较好，用笔简练流畅，纤毫入微。特别是画面中众多盛装女子，无论从神态还是服饰都可窥见唐和五代遗风，充分展现了辽初绘画艺术的成就，具有很高的艺术及学术价值。
罕苏木墓群位于内蒙古自治区阿鲁科尔沁旗罕苏木东南约30公里的古日板呼舒牧村东北的"裂缝山"南，为辽代耶律羽之家族墓地。罕苏木墓群中的耶律羽之墓结构精细考究，以琉璃砖作为建筑装饰材料，金碧辉煌，局部饰有彩绘壁画。墓中还出土一方近千字的楷书墓志，字口勾金，记述了耶律羽之属皇族近支的显耀世系及其生平事迹，极具文献价值，对研究辽代早期契丹族历史有重要意义。
耶律羽之墓，位于赤峰市阿鲁科尔沁旗罕苏木苏木古日板呼舒，村东北为朝克图山，该山主峰峰尖鬼斧神工般地形成一个大沟堑，远远看去就像一个裂缝，当地人称之为“裂缝山”。墓地三面环山，形如簸箕。2001年，耶律羽之墓并入宝山罕苏木墓群。
29、汇宗寺（5—277）
位于内蒙古自治区锡林郭勒盟多伦县城北关的会盟大街，当地称青庙，由附属的善因寺、10座官仓、13座活佛仓和120多座当子房组成，为藏传佛教格鲁派寺院。2001年06月25日国务院分布为第五批全国重点文物保护单位。
30、福会寺（5－278）
31、喀喇沁亲王府及家庙（5－279）
位于内蒙古赤峰市喀喇沁旗王爷府镇，为清朝贡亲王的府邸，先后有十二代喀喇沁旗蒙古王爷在此袭政，是清代赤峰地区品级最高的亲王府弟，也是内蒙古自治区建成年代最早、建筑规模最大、保存最完好、知名度最高的一座古建筑群。2001年06月25日国务院分布为第五批全国重点文物保护单位。国家4A级旅游景区。
32、和硕恪靖公主府（5—280）
33、开鲁县佛塔（5—281）
34、长城—纳林塔秦国长城遗址（5—442（2））
35、长城—清水河县长城（5—442（8））
36、阿尔寨石窟（5b）
第六批全国重点文物保护单位名单于二00六年五月二十五日公布，位于内蒙古自治区的有：
| 编号 | 名称 | 时代 | 地址 |
| Ⅰ－27 | 阿善遗址 | 新石器时代 | 包头市 |
| Ⅰ－28 | 赵宝沟遗址 | 新石器时代 | 赤峰市敖汉旗 |
| Ⅰ－29 | 红山遗址群 | 新石器至青铜时代 | 赤峰市翁牛特旗 |
| Ⅰ－30 | 夏家店遗址群 | 新石器时代至战国 | 赤峰市松山区 |
| Ⅰ－31 | 朱开沟遗址 | 新石器时代至商 | 伊金霍洛旗 |
| Ⅰ－32 | 秦直道遗址 | 秦 | 内蒙古鄂尔多斯市，陕西省旬邑县 |
| Ⅰ－33 | 麻池城址和召湾墓群 | 汉 | 包头市 |
| Ⅰ－34 | 黑城城址 | 汉 | 赤峰市宁城县 |
| Ⅰ－35 | 朔方郡故城 | 汉 | 磴口县、巴彦淖尔市 |
| Ⅰ－36 | 霍洛柴登城址 | 汉 | 杭锦旗 |
| Ⅰ－37 | 克里孟城址 | 汉至南北朝 | 察哈尔右翼后旗 |
| Ⅰ－38 | 沃野镇故城 | 汉至南北朝 | 乌拉特前旗 |
| Ⅰ－39 | 白灵淖尔城址 | 南北朝 | 固阳县 |
| Ⅰ－40 | 十二连城城址 | 隋至唐 | 准格尔旗 |
| Ⅰ－41 | 城川城址 | 唐 | 鄂托克前旗 |
| Ⅰ－42 | 查干浩特城址 | 辽至明 | 赤峰市阿鲁科尔沁旗 |
| Ⅰ－43 | 安答堡子城址 | 金至元 | 达尔罕茂明安联合旗 |
| Ⅰ－44 | 净州路故城 | 金至元 | 四子王旗 |
| Ⅰ－45 | 砂井路总管府故城 | 元 | 四子王旗 |
| Ⅰ－46 | 巴彦乌拉城址 | 元 | 鄂温克族自治旗 |
| Ⅱ－16 | 扎赉诺尔墓群 | 汉 | 满洲里市 |
| Ⅱ－17 | 王昭君墓 | 汉 | 呼和浩特市 |
| Ⅱ－18 | 韩匡嗣家族墓地 | 辽 | 赤峰市巴林左旗 |
| Ⅱ－19 | 吐尔基山墓 | 辽 | 科尔沁左翼后旗 |
| Ⅱ－20 | 萧氏家族墓 | 辽 | 通辽市奈曼旗 |
| Ⅱ－21 | 张应瑞家族墓地 | 元 | 赤峰市翁牛特旗 |
| Ⅲ－190 | 锦山龙泉寺 | 明至民国 | 赤峰市喀喇沁旗 |
| Ⅲ－191 | 大召 | 明至清 | 呼和浩特市 |
| Ⅲ－192 | 绥远城墙和将军衙署 | 清 | 呼和浩特市 |
| Ⅲ－193 | 贝子庙 | 清 | 锡林浩特市 |
| Ⅲ－194 | 定远营 | 清 | 阿拉善左旗 |
| Ⅲ－195 | 灵悦寺 | 清 | 赤峰市喀喇沁旗 |
| Ⅲ－196 | 诺尔古建筑群 | 清 | 锡林郭勒盟多伦县 |
| Ⅲ－197 | 库伦三大寺 | 清 | 库伦旗 |
| Ⅲ－198 | 僧格林沁王府 | 清 | 通辽市科尔沁左翼后旗 |
| Ⅲ－199 | 宝善寺 | 清 | 赤峰市阿鲁科尔沁旗 |
| Ⅳ－8 | 阴山岩画 | 新石器至青铜时代 | 乌拉特前旗、乌拉特后旗、乌拉特中旗、磴口县 |
| Ⅳ－9 | 真寂之寺石窟 | 辽 | 赤峰市巴林左旗 |
| Ⅴ－36 | 乌兰夫故居 | 清至民国 | 土默特左旗 |
| Ⅴ－37 | 成吉思汗庙 | 民国 | 乌兰浩特市 |
| Ⅴ－38 | “独贵龙”运动旧址 | 1919～1921年 | 乌审旗 |
| Ⅴ－39 | 百灵庙起义旧址 | 1936年 | 达尔罕茂明安联合旗 |
| Ⅴ－40 | 内蒙古自治政府成立大会会址 | 1947年 | 乌兰浩特市 |
国家重点文物保护区单位分为一类（Ⅰ类）古遗址、二类（Ⅱ类）古墓葬、三类（Ⅲ类）古建筑、四类（Ⅳ类）石窟寺及石刻、五类（Ⅴ类）近现代重要史迹及代表性建筑、六类（Ⅵ类）其它等六类。
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